В 1994 году Yamaha представила полностью новое поколение TZ125, которое выпускалось до 2009 года. Двигатель получил размерность 54×54,5 мм (124 см³), V-образную компоновку коленчатого, первичного и вторичного валов для улучшения баланса шасси. Были добавлены одноосный балансир, система изменения выпуска YPVS и кассетная коробка передач, унифицированная с TZ250.
Рама - алюминиевая Deltabox, колёса - 17-дюймовые. Мощность составляла 42–44 л.с. (30,9–32,3 кВт) при 12 250 об/мин, крутящий момент - 25 Н·м при 12 000 об/мин. Сухой вес - 72,3 кг, топливный бак - 13 литров. Мотоцикл ежегодно дорабатывался: менялись настройки подвески, карбюратора, форма облицовки. Модель 2009 года стала последней - с переходом класса GP125 на четырёхтактные двигатели производство завершилось.