Стандартная версия Yamaha TDR250 выпускалась с 1988 по 1993 год без принципиальных механических изменений. Байк оснащался двухтактным рядным двухцилиндровым двигателем объёмом 249 см³ с жидкостным охлаждением, системой YPVS (Yamaha Power Valve System), цифровым CDI-зажиганием и двумя карбюраторами Mikuni TM28SS. Заводская максимальная мощность составляла 45 л.с. при 9500 об/мин, крутящий момент - 35.3 Нм при 8500 об/мин.
Коробка передач - шестиступенчатая, сцепление - многодисковое в масляной ванне. Привод - цепной. Рама - стальная дуплексная. Передняя подвеска - телескопическая вилка с пневмоподкачкой и семью положениями регулировки предзагрузки, ход 160 мм. Задняя - Monocross с амортизатором De Carbon, ход 150 мм. Тормоза: спереди плавающий диск 320 мм с четырёхпоршневым суппортом, сзади диск 210 мм. Сухой вес - 137 кг, снаряжённый - 153 кг. Высота по седлу - 820 мм, дорожный просвет - 230 мм.
По годам выпуска менялась цветовая гамма и графика, но техническая начинка оставалась неизменной. Модель поставлялась на рынки Японии, Европы, Австралии, Новой Зеландии. В США байк официально не импортировался из-за несоответствия нормам выбросов для двухтактных двигателей.