В 1993 году Yamaha представила обновленную версию - TDR125R. Главным отличием стала новая рама типа Deltabox (стальная), которая обеспечила лучшую жесткость и управляемость. Дизайн был полностью переработан: появился новый полуобтекатель, сохранивший две круглые фары, и более агрессивные линии. Передний тормозной диск увеличен до 320 мм с двухпоршневым суппортом.
Двигатель остался прежним - 124,8 см³, двухтактный, жидкостного охлаждения, но в зависимости от рынка мог комплектоваться разными карбюраторами (Dell'Orto в итальянской версии, Mikuni - в остальных). Мощность - 15 л.с. (ограничение для прав A1) с возможностью снятия ограничения.
Версия TDR125R выпускалась до 2002 года. Поздние экземпляры могли оснащаться разными шинами (100/80-17 спереди и 130/70-17 сзади вместо 18-дюймовых).