Модификация 3XC3 стала последней и самой продолжительной в производстве R1-Z. Выпущенная в декабре 1992 года как модель 1993 года, она выпускалась до 1999 года - момента прекращения производства всех 250-кубовых двухтактных мотоциклов. Главные технические изменения: установка радиальных шин (вместо диагональных), что улучшило курсовую устойчивость, и снижение мощности до 40 л.с. при 8500 об/мин (3,4 кгс·м при 7500 об/мин) в связи с японскими добровольными ограничениями мощности для 250-кубовых мотоциклов.
Dry weight незначительно вырос до 134 кг. Также были изменены отделка головной фары и панель приборов. Цветовая гамма: Bluish White Cocktail 1 (белый с голубоватым оттенком) и Frost Silver (серый металлик). Мотоцикл комплектовался аварийной сигнализацией.