В 2025 году Yamaha выпустила очередное обновление MT-03. Изменения затронули в первую очередь оснащение и эргономику. Главное новшество - сцепление Assist & Slipper (A&S), облегчающее усилие на рычаге и предотвращающее блокировку заднего колеса при резких понижающих переключениях. Это особенно ценно для начинающих райдеров.
Приборная панель получила новый ЖК-дисплей с поддержкой Y-Connect: через бесплатное приложение можно просматривать уведомления о звонках, сообщениях и почте на экране мотоцикла. Появился порт USB-A для зарядки устройств.
Седло сделано более узким, что при сохранении высоты 780 мм облегчает доставание ногами до земли. Боковые облицовки также сужены. Задняя часть мотоцикла переработана: новый пластик и светодиодный задний фонарь. Расход топлива снижен до 4,0 л/100 км. Доступные цвета: Team Yamaha Blue, Ice Storm и Matte Stealth Black.