В 2020 году Yamaha представила полностью обновлённую MT-03. Модель получила агрессивный дизайн с двумя светодиодными позиционными огнями и центральной LED-фарой, заимствованный у старшей MT-09. Передняя подвеска обновлена до перевёрнутой вилки KYB 37 мм - это существенно повысило жёсткость и управляемость при активном торможении и в поворотах.
ABS стал стандартным оборудованием для всех рынков. Приборная панель получила современный ЖК-экран с негативным отображением (белые цифры на тёмном фоне). Полностью светодиодное освещение (фара, задний фонарь, поворотники). Бензобак стал шире, появились массивные воздухозаборники на боковых облицовках. Серийно устанавливалась шина Dunlop Sportmax GPR-300.
В 2022 году двигатель доработали под стандарт Euro 5. Снаряжённая масса составила ~168–169 кг. Мощность осталась прежней - 42 л.с.