В 1979 году Yamaha провела кардинальное обновление модели MR50. Второе поколение получило полностью переработанную раму и двигатель, а главным новшеством стала задняя подвеска Monocross с моноамортизатором - передовая технология для того времени. Глушитель стал чёрным, изменилась его форма.
Двигатель остался двухтактным одноцилиндровым (49 см³), но пик мощности сместился на 8500 об/мин (6 л.с.), крутящий момент - 0.51 кгс·м (5 Н·м) при 8000 об/мин. Колёса увеличены: 2.50-18 спереди и 3.00-16 сзади. Карбюратор - VM16SH.
Мотоцикл 1980 года имел следующие габариты: длина 1835 мм, ширина 770 мм, высота 1020 мм. Колёсная база - 1180 мм, дорожный просвет - 205 мм, высота по седлу - 740 мм. Ёмкость топливного бака - 6.5 л. Доступные цвета: жёлто-чёрный и серо-чёрный. Производство продолжалось до 1982 года, после чего преемником модели стал Yamaha DT50.