Финальная серия Yamaha GTS1000 выпускалась с 1997 по 1999 год. Модель оставалась в производстве только для европейского рынка и Океании. Коды шасси финальной серии: 4BH6, 4BH7, 4FE6, 4FE7, 4FV5, 4FV6. Технически мотоцикл не изменился. Производство было окончательно прекращено в 1998-1999 годах.
Всего за 6 лет производства было выпущено около 10 300 экземпляров GTS1000, что делает эту модель редкой и коллекционной. Прямого преемника у GTS1000 не было - позже нишу спортивно-туристического флагмана Yamaha занял FJR1300, но уже с традиционной телескопической вилкой. Сегодня GTS1000 является объектом интереса коллекционеров и ценителей уникальных инженерных решений.