В 2000 году Yamaha представила обновлённую версию Fazer 600, а также новую модификацию FZS600S с двухцветной окраской. Главные технические изменения: топливный бак увеличен до 20 литров (за счёт уменьшения глубины переливной трубки), передняя вилка получила регулировку преднатяга пружин. Были также доработаны сцепление (новые пружины и диски), рычаг переключения передач стал длиннее на 4 мм.
Для повышения комфорта пассажира задние подножки опущены на 45 мм и сдвинуты вперёд на 10 мм, увеличена толщина подушки пассажира, поручень заменён на окрашенную пластиковую деталь. На приборной панели появились второй трипметр и электронные часы, на левом пульте - кнопка аварийной сигнализации.
В 2001 году изменения были в основном косметическими: карбоновый декор приборной панели (ранее золотистый), окрашенные в серебро нижние части вилки. Код модели 2001 года - 5DMC для FZS600 и 5DMF для FZS600S.