В 2002 году Yamaha провела наиболее значительное обновление Fazer 600. Модель получила новый передний обтекатель с угловатыми фарами, стилистически напоминающий старшую модель FZS1000 Fazer. За характерную форму фар мотоцикл получил неофициальное прозвище Foxeye (лисий глаз). Обновление затронуло и другие элементы дизайна: изменённая форма топливного бака, новая приборная панель, более широкие зеркала на тонких ножках, резиновые основания указателей поворотов.
Вместимость бака выросла до 22 литров (резерв 3,6 л). Выпускные трубы стали из нержавеющей стали, появилась чёрная сетчатая защита радиатора. Габаритная высота увеличилась на 10 мм до 1180 мм за счёт нового обтекателя. Колёсная база и высота седла остались прежними.
В 2003 году выпущена последняя партия модели. Доступные цвета: Vivid Red Cocktail 1 (красный), Deep Purplish Blue Metallic C (синий) и Silver 1 (серебристый). В 2004 году производство прекращено из-за несоответствия нормам Euro-2. На смену пришла модель Yamaha FZ6 с инжекторным двигателем.