Третье поколение Yamaha FJ1200 (заводской код 3XW) выпускалось с 1991 по 1996 год. Это была наиболее существенная модернизация модели. Мотоцикл получил новый V-образный передний обтекатель с изменённой оптикой, резиновые опоры двигателя для снижения вибраций и более жёсткую раму (двигатель перестал быть несущим элементом). Задний маятник вместо алюминиевого стал стальным, нижняя траверса вилки также стальная.
Главное новшество - появление версии с антиблокировочной системой тормозов (FJ1200A). ABS стала первой в истории японского мотоциклостроения. С 1991 года система предлагалась как опция, а с 1993 года устанавливалась штатно. Снаряжённая масса базовой версии - 266 кг, версии с ABS - 274 кг.
В США продажи модели завершились в 1993 году, в Европе - в 1996 году (Великобритания). Преемником стала Yamaha FJR1300, представленная в 2001 году.