Второе поколение Yamaha FJ1200 (заводской код 3CV) выпускалось с 1988 по 1990 год. Модель получила значительные обновления: переднее колесо увеличилось с 16 до 17 дюймов, исчезла антиклевковая система Anti-dive. Тормозная система была модернизирована - установлены 4-поршневые передние суппорты и вентилируемые диски диаметром 298 мм. Задний тормоз получил 2-поршневой суппорт. Зажигание стало цифровым TCI. Вместо гравитационной подачи топлива появился бензонасос. Снаряжённая масса выросла до 266 кг.
В 1988 году модель была доступна только на европейском рынке, а в 1989 году вернулась в США (обозначение FJ1200W).