Второе поколение Suzuki GSX600F на шасси GN79A выпускалось с 1998 по 2006 год. В 1998 году модель получила единственный за всю историю серьёзный рестайлинг: были изменены обтекатели, передняя оптика, задняя часть и боковые панели.
Двигатель остался прежним - 599 см³ воздушно-масляного охлаждения, но мощность была снижена до 78 л.с. при 10 500 об/мин из-за ужесточения экологических норм. Карбюраторы были заменены на Mikuni BSR32. Сухой вес увеличился до 208 кг. Высота по седлу была уменьшена до 785 мм для большего комфорта, дорожный просвет сократился до 120 мм.
В 2003 году были обновлены задний фонарь, задний обтекатель и седло. В 2004 году на баке появился классический логотип Suzuki в виде буквы S. В 2006 году модель получила новые поворотники с жёлтыми лампами и прозрачными линзами - это стало последним обновлением перед завершением производства.