В 2008 году Suzuki представила второе поколение Hayabusa. Двигатель получил увеличенный ход поршня (с 63 до 65 мм), что увеличило рабочий объём до 1340 см³. Степень сжатия выросла с 11:1 до 12.5:1. Мощность достигла 197 л.с. при 9500 об/мин, крутящий момент - 155 Нм при 7200 об/мин.
Были внедрены титановые клапаны, облегчённые поршни, новая система впрыска SDTV с двумя форсунками на цилиндр. Появилась система S-DMS с тремя режимами мощности. Тормозная система получила радиальные 4-поршневые суппорты Tokico с дисками 310 мм спереди и 260 мм сзади. Подвеска KYB получила DLC-покрытие перьев вилки.
Габариты мотоцикла увеличились: длина выросла до 2190 мм, высота - до 1165 мм. Сухой вес составил 220 кг, снаряжённый - 266 кг. Ёмкость топливного бака - 21 л.