Первое поколение Suzuki GSX1300R Hayabusa было представлено в 1999 году и сразу произвело фурор. Мотоцикл оснащался рядным четырёхцилиндровым двигателем объёмом 1299 см³ с жидкостным охлаждением, DOHC, 16 клапанами и системой впрыска топлива. Заявленная мощность составляла 175 л.с. при 9800 об/мин, крутящий момент - 138 Нм при 7000 об/мин.
Дизайн мотоцикла, разработанный Кодзи Ёсиурой, был вдохновлён японскими доспехами самураев. Аэродинамический обвес обеспечивал минимальное сопротивление воздуху, что позволяло развивать скорость до 312 км/ч на ранних моделях.
В 2001 году в рамках неформального соглашения между производителями максимальная скорость была ограничена 299 км/ч. Также в 2001 году механический натяжитель цепи ГРМ был заменён на гидравлический, а алюминиевый подрамник - на стальной. С 2005 года мотоцикл получил усиленную раму twin-spar и белые рассеиватели поворотников.