В 2000 году Suzuki GSF600 Bandit получил серьёзное обновление. Мотоцикл второго поколения оснащался новой рамой периметрального типа, изменённой геометрией рулевого управления (угол наклона вилки уменьшен с 25,6° до 25,0°, след - с 103,6 до 98 мм), увеличенной на 10 мм колёсной базой (1440 мм).
Двигатель получил новые карбюраторы Keihin CVR32 с датчиком положения дроссельной заслонки (TPS), дополнительный топливный фильтр и более мощный генератор (550 Вт вместо 405 Вт). Тормозные суппорта Nissin были заменены на Tokico. Размерность шин изменилась: спереди 120/60-ZR17, сзади 160/60-ZR17. Ёмкость топливного бака увеличена до 20 л, высота по седлу снижена до 790 мм.
Версия S получила новый полуобтекатель с двумя фарами проекционного типа и полностью электронную приборную панель со светодиодной подсветкой. В 2002 году в стандартную комплектацию был добавлен датчик уровня топлива. В 2004 году на некоторые рынки устанавливался каталитический нейтрализатор.