Второе поколение Suzuki DR250S было представлено в 1990 году. Модель получила принципиально новый двигатель с масляным охлаждением (Suzuki Advanced Cooling System) и сухим картером. Диаметр цилиндра увеличился до 73,0 мм, ход поршня - 59,6 мм. Степень сжатия - 10,0:1.
Мощность выросла до 29 л.с. (21,3 кВт) при 8500 об/мин, крутящий момент - 24,5 Н·м при 7000 об/мин. Коробка передач стала 6-ступенчатой. Мотоцикл получил перевёрнутую (USD) вилку - первую на серийном 250-кубовом 4-тактном эндуро в Японии.
Сухой вес - 117 кг. Колёсная база увеличена до 1445 мм. Тормоза - дисковые спереди и сзади. Выпускалась также версия DR250SH с регулируемой высотой седла (SHE).