В 1999-2000 годах вышли поздние версии AG100X и AG100Y. Модель получила новое шасси CE13A и двигатель E134. Сухой вес вырос до 84 кг, снаряжённая масса - до 89 кг. Степень сжатия была изменена до 6.5:1. Изменились передаточные числа вариатора: диапазон 2.204-0.807, вторичное передаточное число 2.500 x 3.133.
В версии AG100Y (2000) появилась опция обогрева карбюратора с термостатом. Модели X/Y также отличались изменённым креплением топливного насоса и замком багажника. Дизайн пластиковых панелей был обновлён, появились новые цветовые варианты. Скутер сохранил все ключевые особенности, включая вместительное подседельное отделение и передний дисковый тормоз.