В 1999 году Kawasaki представила обновлённую версию ZR400 - Zephyr 400X (заводской индекс ZR400G). Главным внешним отличием стала прямоугольная фара вместо круглой, а также более угловатый дизайн бензобака и боковых панелей. Модель получила обновлённую приборную панель с аналоговым спидометром и тахометром, а также новую цветовую гамму.
Двигатель остался прежним - рядная четвёрка объёмом 398 см³ с воздушно-масляным охлаждением, но получил незначительные доработки для соответствия более строгим экологическим нормам. Мощность сохранилась на уровне 53 л.с. при 11000 об/мин. Подвеска и тормозная система остались без существенных изменений.
Zephyr 400X выпускался до 2008 года, после чего производство модели было прекращено. Мотоцикл остаётся популярным на вторичном рынке благодаря классическому дизайну с современными нотками и надёжной конструкции.