Kawasaki KLX400R - внедорожная версия модели, предназначенная для эндуро-соревнований и активного отдыха на бездорожье. Мотоцикл оснащался карбюратором Keihin FCR39 с плоской заслонкой, обеспечивающим мгновенную реакцию на открытие дросселя. Степень сжатия 12,2:1 позволяла двигателю развивать 41,2 л.с. (31,2 кВт) при 8000 об/мин.
Версия R отличалась минимальным оснащением: только внедорожная фара и LED-стоп-сигнал, без поворотников, зеркал и спидометра. Сухой вес составлял всего 119 кг благодаря алюминиевому подрамнику, магниевым крышкам сцепления и генератора, а также облегчённым колёсам с алюминиевыми ниппелями.
Задняя шина - 110/100-18 (в отличие от 120/90-18 у версии SR). Трансмиссия - 5-ступенчатая. Система выпуска оснащена искрогасителем, одобренным Лесной службой США.