Второе поколение Kawasaki EX500 выпускалось с 1994 по 2009 год. В Северной Америке модель получила название Ninja 500R, в Европе сохранила имя GPZ500S. Главные изменения по сравнению с первым поколением: 17-дюймовые колёса вместо 16-дюймовых, задний дисковый тормоз вместо барабанного, обновлённый дизайн обтекателя с более округлыми формами и новая приборная панель.
Двигатель остался практически без изменений - 498 см³, рядный двухцилиндровый, жидкостного охлаждения, DOHC, 8 клапанов. Мощность - около 60 л.с. при 9800 об/мин. Однако на некоторых рынках (особенно в Европе) для соблюдения ограничений для начинающих райдеров мощность была снижена до 50 л.с. путём изменения карбюраторов и воздушного фильтра.
Высота по седлу увеличилась до 775 мм. Сухой вес составлял около 176 кг. Мотоцикл оснащался 6-ступенчатой коробкой передач и цепным приводом. Топливный бак вмещал 18 литров. В 2000-х годах модель получила незначительные косметические обновления, включая новые цветовые схемы и небольшие изменения в графике.
Производство EX500/Ninja 500R было прекращено в 2009 году. Преемником модели стал Kawasaki Ninja 650R (ER-6f) с новым 649-кубовым двигателем.