В 2001 году Kawasaki провела серьёзное обновление ER500. Модель получила индекс ER500-C. Изменения затронули топливный бак (увеличен до 17 литров с новой плоской крышкой), заднюю часть (изменён подрамник, форма седла и боковые панели).
Высота седла выросла с 780 до 800 мм за счёт более толстого наполнителя и более длинных задних амортизаторов (ход 114 мм вместо 105 мм). Сухой вес увеличился до 179 кг. Передний тормозной суппорт получил поршни одинакового диаметра, что улучшило эффективность торможения.
С 2004 года модель оснащалась нерегулируемым катализатором для соответствия нормам Euro 2, мощность была снижена до 49 л.с. (36 кВт) при 8700 об/мин, крутящий момент - 43 Нм при 7200 об/мин. Также появились чёрные колёса, автоматическое включение фары и чёрная ручка пассажира.