В 2014 году Kawasaki провела рестайлинг модели. Нейкед-версия ER-4n была снята с производства, а спорт-турист Ninja 400R получил обновлённый дизайн и стал называться просто Ninja 400 (без литеры R). Модель выпускалась только для японского рынка.
Основные изменения затронули внешний вид: мотоцикл получил новый дизайн обтекателя, вдохновлённый старшей моделью Ninja 650 (ER-6f второго поколения). Были изменены передняя оптика, форма боковых панелей и задней части. Высота по седлу увеличилась до 805 мм, дорожный просвет уменьшился до 130 мм. Ход передней подвески вырос до 125 мм, задней - до 130 мм. Колёсная база составила 1410 мм.
Двигатель остался прежним - 399 см³, 44 л.с. при 9500 об/мин, 37 Н·м при 7500 об/мин. Снаряжённая масса выросла до 209 кг (211 кг с ABS). Модель оснащалась 6-ступенчатой коробкой передач, цепным приводом и стальной рамой алмазного типа. Тормозная система - два передних диска 300 мм и задний диск 220 мм, с опциональной ABS.
Выпуск модели продолжался до 2017 года. В 2018 году ей на смену пришла全新的 Kawasaki Ninja 400 на совершенно новой платформе с новым двигателем и рамой.