Honda XR50 Motard - совершенно иная модификация, не имеющая с внедорожным XR50R почти ничего общего, кроме названия и объёма двигателя. Модель была представлена 25 февраля 2005 года для японского рынка и базировалась на платформе городского мотоцикла Honda Ape 50 (2001-). В отличие от XR50R, мотард получил новый двигатель AC16E (49 см³, 42.0 x 35.6 мм, степень сжатия 9.2:1), выдающий 3.3 л.с. при 8000 об/мин и 3.2 Н·м при 5000 об/мин.
Главное отличие - 5-ступенчатая механическая коробка передач с мокрым многодисковым сцеплением и ручным управлением. Ходовая часть: стальная рама алмазного типа, телескопическая вилка спереди, маятник с моноамортизатором сзади (удлинён на 40 мм по сравнению с Ape). Тормоза - гидравлические дисковые спереди и сзади. Колеса - 12-дюймовые литые алюминиевые 6-спицевые, резина 120/80-12 бескамерная. Высота по седлу - 750 мм, колёсная база - 1235 мм. Сухой вес 79 кг, снаряжённый 83 кг. Бак - 5.7 литра, расход топлива - 86 км/л (при 30 км/ч). Доступные цвета: Extreme Red и Black. В 2006 году (2007 модельный год) обновлена графика на tank shroud, добавлены золотые колёса на чёрной версии. Производство прекращено из-за вступления в силу норм Heisei 18 для 50-кубовых двигателей.