Первая и самая известная модификация - Honda XR400R, выпускавшаяся с 1996 по 2004 год. Это классический эндуро-мотоцикл, предназначенный для езды по бездорожью и участия в любительских соревнованиях.
Модификация оснащена 21-дюймовым передним и 18-дюймовым задним колёсами с внедорожными шинами, длинноходной подвеской (280 мм ход) и высоким дорожным просветом в 330 мм. Высота по седлу составляет 930 мм, что типично для эндуро-класса. Сухой вес - около 116,5 кг.
Двигатель - 397 см³, одноцилиндровый, воздушного охлаждения, с системой RFVC (4 клапана). Карбюратор - Keihin 38 мм с плоским дросселем. Запуск - только кик-стартером. Степень сжатия - 9,3:1. Мощность - около 34 л.с. (25 кВт) при 6500 об/мин, крутящий момент - 33 Н·м при 5500 об/мин.
Тормоза - дисковые, спереди 240 мм, сзади 220 мм. ABS отсутствует. Топливный бак - 9,5 литра. Расход топлива - около 4,5 л/100 км.