Вторая модификация - Honda XR400 Motard (2005–2008), выпускавшаяся преимущественно для японского внутреннего рынка. Это супермотард-версия, адаптированная для езды по асфальту и городским дорогам.
Отличия от XR400R: 17-дюймовые колёса спереди и сзади (вместо 21/18), пониженная высота по седлу до 855 мм, увеличенный вес (сухой 131–145 кг), электростартер и карбюратор Keihin CV 34 мм (вместо 38 мм). Степень сжатия снижена до 8,8:1 для работы на более низкооктановом топливе.
Мощность - около 30 л.с. (22 кВт) при 7000 об/мин, крутящий момент - 33 Н·м при 5500 об/мин. Тормоза - дисковые, передний диск 296 мм, задний - 220 мм. ABS отсутствует.
Модификация Motard создавалась как городской мотоцикл с характером эндуро, но с более комфортной посадкой и управляемостью на асфальте.