В 2004 году Honda внесла ряд изменений в конструкцию XL650V Transalp. Главное техническое новшество - система подмешивания воздуха (Air Induction System) в выпускной тракт для дожига выхлопных газов, что позволило соответствовать нормам Euro 2. Двигатель и основные характеристики остались прежними.
С 2005 модельного года байк получил ещё более заметные внешние обновления: колёсные ободы стали чёрными (black alumite finish), что придало мотоциклу более агрессивный вид. Новые наконечники глушителей из нержавеющей стали получили коническую форму. Приборная панель была обновлена - красные стрелки на светло-серых циферблатах. Внутренний ротор заднего тормозного диска окрашен в матово-чёрный цвет. Сиденье стало доступно в двух вариантах: стандартном и заниженном на 30 мм (бесплатная опция). Цветовая гамма расширилась, добавился оранжевый цвет для модели 2005 года.
С 2006 года модель получила более яркую головную оптику и незначительные косметические доработки. Мотоцикл оставался в производстве до конца 2007 года, после чего был заменён новым поколением XL700V Transalp с инжекторным двигателем.