В 2000 году Honda полностью обновила Transalp: двигатель был расточен с 75 до 79 мм (объём вырос с 583 до 647 см³), что дало прирост мощности примерно на 5 л.с. Мотоцикл получил новую переднюю оптику с мультирефлекторной фарой, полностью переработанный обтекатель в стиле Bird Gliding Silhouette, новую приборную панель с тахометром, спидометром, указателем уровня топлива и температуры.
Шасси претерпело существенные изменения: рама получила усиленные трубы (на 10% жёстче), маятник - новый Pro-Link от CBR600F с алюминиевыми рычагами. Амортизатор получил регулировку сжатия. Колёса - спицованные с облегчёнными пустотелыми ободами. Тормозная система - два передних диска 256 мм с двухпоршневыми суппортами Nissin со спечёнными колодками.
Был добавлен иммобилайзер HISS, новое запираемое сиденье с увеличенным отсеком под ним. Воздушный фильтр перенесён из-под седла напрямую над карбюраторами (объём воздушной камеры увеличен до 5.5 л). Топливный бак вырос с 18 до 19 л. Новая двухсекционная выхлопная система с подкамерой под маятником. Цвета: Bud Green Metallic, Rich Red Metallic, Cynos Grey Metallic.