Модель VTX1300C (Custom) дебютировала в 2004 году как более доступная и лёгкая альтернатива S-версии. Главные отличия: литые алюминиевые колёса (вместо спицованных), более короткие выхлопные трубы, отсутствие подножек с "heel-and-toe"-переключением (обычные передние подножки), уменьшенная колёсная база (1665 мм против 1670 мм у S/R).
Двигатель - тот же 1312-кубовый V-twin, но в версии C сухой вес составлял 291 кг (против 303 кг у S). Передняя шина - 110/90-19 (вместо 140/80-17 у S/R). Задняя - 170/80-15. Передняя подвеска - 41-мм вилка с ходом 130 мм, задняя - два амортизатора с ходом 91 мм.
В 2008 году модель получила обновлённую выхлопную систему с более компактными глушителями. Производство продолжалось до 2009 года включительно. Цветовые схемы: 2004 - чёрный, серебристый, перламутровый оранжевый, красный; 2005 - чёрный, ярко-синий, титановый, красный; 2006 - чёрный, вишнёво-чёрный, тёмно-серый металлик, оранжевый; 2007 - чёрный, тёмно-красный, перламутровый белый, перламутровый тёмно-синий, перламутровый ярко-зелёный; 2008–2009 - металлик-чёрный, серебристый, красный, жёлтый.