В 2002 году Honda NT650V Deauville получила серьёзное обновление. Главные изменения - комбинированная тормозная система (CBS) с трёхпоршневыми суппортами Nissin чёрного цвета спереди (заменили прежние двухпоршневые Brembo золотистого цвета). Задний суппорт - также Nissin. Система CBS распределяет тормозное усилие между передним и задним колёсами при нажатии на педаль.
Кофры значительно выросли: левый с 18 до 24 литров, правый с 16,7 до 19,5 литров. Изменены петли и замки крышек кофров для надёжности. Двигатель получил облегчённые поршни, улучшенные сцепление и глушитель, а также каталитический нейтрализатор для соответствия экологическим нормам Евро-2.
В 2004 году модель получила постоянно включённый ближний свет, кнопку аварийной сигнализации и аккумулятор увеличенной ёмкости (с 9 до 11,2 А·ч). В 2005 году обновлена оптика головного света. Сухая масса второго поколения - 228-233 кг (в зависимости от года). Производство модели завершилось в 2005 году, уступив место NT700V.