В 2000 году модель получила код FX650Y. Технических изменений по сравнению с версией 1999 года не было - все характеристики двигателя, ходовой части и электроники остались прежними. Этот год стал последним в производстве модели. Несмотря на интересную концепцию и положительные отзывы владельцев, FX650 Vigor не добилась коммерческого успеха в Европе, и уже в 2000 году производство было прекращено.
Оставшиеся на складах мотоциклы продавались до 2003 года. Позже, в 2005 году, компания Honda предприняла еще одну попытку на базе этого же двигателя - модель FMX650, но и она не стала бестселлером, продержавшись на конвейере до 2007 года.