Второе поколение Pantheon было представлено в декабре 2002 года на мотосалоне в Болонье и поступило в продажу в первых месяцах 2003 года. Кардинальное отличие - замена двухтактного двигателя на современный четырёхтактный SOHC с двумя клапанами на цилиндр. Это был первый случай применения электронного впрыска PGM-FI в этом классе скутеров Honda.
Двигатель объёмом 124,6 см³ (диаметр цилиндра 52,4 мм, ход поршня 57,8 мм) со степенью сжатия 11:1 развивал 13,8 л.с. при 9000 об/мин и крутящий момент 11,7 Н·м при 8500 об/мин. Система HECS3 (каталитический нейтрализатор) обеспечивала соответствие нормам Euro 2.
Рама сохранена от предыдущего поколения, но дизайн полностью обновлён: V-образная передняя оптика, стилизованная под макcи-скутер Silver Wing. Переднее колесо увеличено до 13 дюймов (110/90-13), заднее - 12 дюймов (130/70-12). Тормозная система CBS: 240-мм диск с трёхпоршневым суппортом спереди, 220-мм диск с однопоршневым суппортом сзади. Передняя вилка 33 мм.
Сухая масса снизилась до 140 кг, высота по седлу увеличилась до 770 мм, колёсная база - до 1490 мм. Объём топливного бака уменьшился до 9,4 л.