В 2009 году Honda обновила CRF100F: объём топливного бака уменьшился с 5,67 до 4,92 л, а снаряжённая масса составила около 77 кг (170 фунтов). Передняя шина осталась 2.50-19, задняя - 3.00-16.
В 2010 году к кикстартеру добавился электрический стартер. Тогда же появились новые пиктограммы на приборной панели (более наглядное обозначение рычажка воздушной заслонки, стоп-выключателя и замка зажигания), а левая крышка картера получила изменённый дизайн.
Двигатель, подвеска, тормоза и геометрия рамы остались без изменений. Мотоцикл по-прежнему предлагался только в красном цвете.