Второе поколение Honda CN250 дебютировало в 1992 модельном году. Главное изменение - замена стальных спицованных колес на алюминиевые литые диски. Одновременно была внедрена новая конструкция шин, улучшившая управляемость. Внешне скутер также получил обновленную графику.
На протяжении 1990-х годов в конструкцию поэтапно добавлялось оборудование для снижения выбросов. Цветовая гамма регулярно обновлялась: с 1992 по 1993 год предлагался только Candy Glory Red, в 1994-1995 - Gloss Black, с 1996 по 2000 - Pure Red, в 2001 году - Black.
В 2001 году скутер был снят с производства в США, уступив место модели NSS250 Reflex. Однако в Японии выпуск Fusion продолжался, чему способствовала активная поддержка со стороны местного сообщества энтузиастов.