Второе поколение Honda CBR125R (код модели JC39) выпускалось с 2007 по 2010 год. Главным изменением стала замена карбюратора на систему впрыска топлива PGM-FI (Programmed Fuel Injection), что улучшило запуск двигателя, снизило расход топлива и позволило соответствовать нормам Euro 3.
Дизайн мотоцикла был значительно обновлён: появились более острые и агрессивные линии, новый передний обтекатель с более крупным ветровым стеклом. Приборная панель стала комбинированной - аналоговый тахометр дополнялся цифровым дисплеем, показывающим скорость, одометр и другие параметры.
Двигатель остался тем же по объёму (124,7 см³), но благодаря системе впрыска мощность немного выросла. Рама и подвеска остались без существенных изменений. Мотоцикл стал доступен в новых цветовых решениях.