В 2008 году Honda провела рестайлинг CBF600 (код модели PC43). Главным изменением стала замена карбюраторов на систему впрыска топлива PGM-FI, что улучшило запуск двигателя, снизило расход топлива и позволило соответствовать экологическим нормам Euro 3. Мощность осталась на уровне 78 л.с., но крутящий момент стал более ровным на средних оборотах.
Внешне модель получила новую переднюю оптику с более современным дизайном, обновлённую приборную панель с улучшенной читаемостью, изменённые боковые панели и новую окраску. С 2009 года для версии CBF600S стала доступна опциональная ABS (Combined ABS от Honda).
Мотоцикл по-прежнему предлагался в двух версиях: CBF600 (Naked) и CBF600S (Semi-Faired). Производство завершилось в 2012 году, когда на смену пришла модель CB650F с новым двигателем объёмом 649 см³.