В 2013 году Honda провела серьёзное обновление CBF125. Главным изменением стала замена карбюратора на систему электронного впрыска топлива PGM-FI, что улучшило запуск двигателя, снизило расход топлива и позволило соответствовать нормам Euro 3.
Мотоцикл получил новую цифровую приборную панель с LCD-дисплеем, обновлённый дизайн бензобака и боковых панелей. Двигатель остался прежним - 124.7 см³, 11 л.с., но благодаря впрыску топлива улучшилась приёмистость на низких оборотах. Расход топлива снизился до 2.2-2.3 л на 100 км.