В 1963 году Honda провела рестайлинг модели CA95. Поздняя версия выпускалась с 1963 по 1966 год. Основные изменения коснулись внешнего вида: мотоцикл получил увеличенную круглую фару, круглые глушители вместо плоских, удлинённый кронштейн заднего крыла с дополнительной прямоугольной пластиной.
Топливный бак поздней версии имел более крупные резиновые накладки и меньшую хромированную панель. Модель начала комплектоваться шинами с белыми боковинами (whitewall), ставшими классическим атрибутом американских мотоциклов той эпохи. На поздних версиях электрооборудование было модернизировано до 12 вольт. Номера шасси начинались с CA95-3106641. Свечи зажигания - NGK D8HA.