В 2007 году Honda провела серьёзное обновление модели: Innova получила систему PGM-FI (электронный впрыск топлива), транзисторное зажигание с электронным опережением и новый код шасси JC37 (двигатель JC37E). Модификация получила обозначение ANF125i, где буква i указывает на fuel injection (впрыск).
Мощность составила 6,84 кВт (9,2 л.с.) при 7500 об/мин, крутящий момент - 10,1 Нм при 3000 об/мин. Система PGM-FI обеспечивала лёгкий пуск, стабильную работу на холостых оборотах (благодаря клапану IACV) и снижение вредных выбросов - каталитический нейтрализатор HECS3 уменьшал содержание CO и HC более чем вдвое.
Обновился дизайн: изменилась оптика, появились спортивные воздухозаборники. Снаряжённая масса увеличилась до 105 кг, высота седла снизилась до 778 мм, дорожный просвет уменьшился до 139 мм, а длина выросла до 1896 мм. Колёсная база осталась прежней - 1240 мм. Объём бака - 3,7 л. Доступные цвета: Ross White, Force Silver Metallic/Terra Silver Metallic, Asteroid Black Metallic/Titanium Metallic, Candy Caribbean Blue Sea/Candy Lightning Blue.