В 2012 году Yamaha представила второе поколение Mio - модель Mio J. Главным нововведением стала система электронного впрыска топлива YMJet-FI (Yamaha Mixture Jet-Fuel Injection), заменившая карбюратор. Двигатель 113,7cc получил цилиндр DiASil (алюминиевый с кремниевым покрытием) и кованый поршень, что снизило вес и улучшило отвод тепла.
Расход топлива снизился примерно на 30% по сравнению с карбюраторной версией. Дизайн стал более острым и спортивным. В 2013 году вышла версия Mio GT с измененной передней частью, более массивным обвесом и агрессивной оптикой, ориентированная на мужскую аудиторию.
Технические характеристики: мощность около 7,75 л.с. при 8500 об/мин, крутящий момент 8,5 Нм при 5000 об/мин. Топливный бак увеличен до 4,2 л.