Третье поколение Yamaha Flipper 50 выпускалось с 2006 по 2013 год. Мопед получил очередное обновление дизайна пластика и цветовых решений. Заводские коды модели: 5UB6 (2006), 5UB7 (2007), 5UB8 (2008), 5UB9 (2009), 5UBA (2010), 5UBB (2011), 5UBC (2012), 5UBD (2013).
Технически мопед остался прежним: двухтактный двигатель 49 см³ с воздушным охлаждением, автоматический вариатор CVT, электростартер и кикстартер. В 2013 году производство модели было завершено.