В 2003 году Yamaha обновила Flipper 50. Мопед получил новый дизайн пластика, изменённую переднюю оптику и свежие декали. Заводские коды: 5XS (2003), 5UB (2004), 5UB4 (2005). Техническая начинка осталась прежней - двухтактный двигатель 49 см³ с воздушным охлаждением и вариатор CVT.
В 2004 году вышла версия Flipper Light (YH50L, код 5UB5) - упрощённая модификация с базовой комплектацией и более доступной ценой. От стандартной версии отличалась отсутствием некоторых декоративных элементов и упрощённым оснащением.