Последняя серия Yamaha Raptor 350, выпускавшаяся с 2011 по 2013 год, считается наиболее доработанной версией модели. Стальные колёсные диски были заменены на алюминиевые, что снизило неподрессоренную массу, а трансмиссия получила широкий диапазон передач с возможностью включения реверса из любой передачи вперёд.
Поднятый снорклированный воздухозаборник улучшил защиту двигателя при преодолении грязи и неглубокого брода. В 2013 году производство модели было завершено.