В модификациях 2009-2010 годов Yamaha облегчила бодивёрк квадроцикла и скорректировала геометрию рамы, что улучшило маневренность на трейловых трассах. Силовой агрегат остался прежним - воздушный одноцилиндровый двигатель объёмом 348 см³.
Настройки подвески были доработаны с учётом опыта эксплуатации предыдущих версий, а внешний вид получил обновлённые графические решения.
Модификация Yamaha Raptor 350 2009-2010 годов отличается более лёгкими панелями кузова и скорректированной геометрией шасси. Изменения были направлены на повышение маневренности квадроцикла при сохранении прежнего силового агрегата.
Двигатель, трансмиссия и тормозная система остались без изменений относительно ранних версий модели.
2011-2013
Финальная модификация: алюминиевые колёсные диски вместо стальных, широкодиапазонная 6-ступенчатая трансмиссия с включением реверса из любой передачи, снорклированный воздухозаборник для езды по грязи и воде.
2004–2013
Первая версия модели на смену Warrior 350: стальные колёсные диски, базовая настройка подвески, карбюраторный двигатель 348 см³, выпускались также ограниченные версии Special Edition.
