Первые модификации Yamaha Raptor 350 пришли на смену модели Warrior 350 и получили более спортивную пластику при практически неизменном силовом агрегате. Колёсные диски в этот период были стальными, подвеска настроена без больших изменений относительно предшественника.
В 2005-2007 годах выпускались отдельные версии Special Edition с эксклюзивной окраской и графикой, механически идентичные базовой модели.
Ранние модификации квадроцикла Yamaha Raptor 350 2004-2008 годов сохранили силовую установку от Warrior 350: одноцилиндровый воздушный двигатель объёмом 348 см³ с карбюратором Mikuni. Машина получила спортивный дизайн кузова и стальные колёсные диски.
Этот период стал стартовым для линейки, заложив основу конструкции, которая с небольшими доработками продержалась до конца производства модели в 2013 году.
2011-2013
Финальная модификация: алюминиевые колёсные диски вместо стальных, широкодиапазонная 6-ступенчатая трансмиссия с включением реверса из любой передачи, снорклированный воздухозаборник для езды по грязи и воде.
2009-2010
Обновлённая пластика кузова стала легче, изменена геометрия для улучшения маневренности, скорректированы настройки подвески по сравнению с версией 2004-2008 годов.
