В 2009 году Suzuki провела серьёзное обновление LT-Z400. Главным изменением стала замена карбюратора на систему электронного впрыска топлива (EFI) с 36-миллиметровым дросселем и 12-отверстной форсункой. Это улучшило запуск двигателя, стабильность работы на разных высотах и общую надёжность.
Помимо системы питания, модель получила усиленную раму с увеличенной толщиной стенок труб, изменённые профили кулачков распредвала (позаимствованные у LTR 450), более прямые впускные каналы для улучшения наполнения цилиндра. Передняя колея стала шире на 1 дюйм за счёт более длинных рычагов подвески. Руль был опущен на 5 мм и смещён вперёд на 10 мм, подножки опущены на 5 мм и сдвинуты назад на 2 мм для улучшения посадки.
Дизайн пластика был обновлён в стиле старшей модели QuadRacer R450. Задний тормозной цилиндр перенесли с подрамника на основную раму для удобства обслуживания. Производство завершилось в 2014 году, хотя в некоторых странах модель продавалась до 2018 года.