С 1999 года Yamaha YZF600R Thundercat выпускалась в устоявшемся виде без серьёзных технических изменений. Модель сохранила рядный 4-цилиндровый двигатель 599 см³, стальную раму Deltabox и карбюраторное питание.
В этот период производитель в основном обновлял цветовые схемы облицовки. Выпуск продолжался до 2003 года в Европе и до 2007 года на рынках США и Канады, после чего модель была снята с производства.