Второе поколение Yamaha YZF-R3, представленное в 2019 году, получило значительные обновления. Дизайн стал более агрессивным с новыми обтекателями в стиле MotoGP и измененной передней частью.
Ключевые технические изменения включили перевернутую переднюю вилку KYB диаметром 37 мм вместо обычной 41-миллиметровой, что улучшило управляемость и обратную связь. Появился полноцветный LCD дисплей вместо аналогово-цифровой комбинации.
ABS стала стандартной для всех рынков. Модель также получила обновленные цвета и специальные версии, включая 60th Anniversary Edition в 2022 году.