В 1988 году модель обновили, присвоив новый код рамы 3CE1. Изменения коснулись переднего тормоза - цельный диск заменили перфорированным, а руль стал кованым вместо сварного трубчатого.
Педаль заднего тормоза сдвинули внутрь для увеличения угла наклона в поворотах. Двигатель, трансмиссия и ходовая часть остались прежними. Вариантов окраски стало меньше - только красно-белый.
Yamaha YSR80 3CE1 - обновлённая версия мини-спортбайка, выпускавшаяся с 1988 по 1992 год. Модернизация не затронула силовой агрегат: техника сохранила двухтактный двигатель 79 см³, 8,8 л.с. и пятиступенчатую коробку передач.
Ключевые изменения коснулись шасси и управления. Цельный передний тормозной диск заменили перфорированным, что улучшило отвод тепла и поведение при торможении. Руль вместо сварного стал кованым, а педаль заднего тормоза сдвинули внутрь для большего угла наклона в поворотах.
Цветовая гамма упростилась до одного красно-белого варианта. Поздняя модификация считается финальным этапом развития модели и завершила её историю в 1992 году.
