После годичного перерыва в 2008 году Yamaha возобновила производство YBR250, присвоив модели новый заводской индекс 5D13. Технически мотоцикл остался идентичен первому поколению: тот же 249-кубовый мотор, та же рама, подвеска и тормозная система. Изменения носили косметический и производственный характер - адаптация к обновлённым экологическим нормам и незначительные корректировки в оснащении.
Модель сохранила все ключевые преимущества: экономичный инжекторный двигатель, вместительный топливный бак, комфортную посадку и низкую снаряжённую массу. Версия 5D13 поставлялась на европейский рынок в течение одного года, после чего была заменена индексом 5D14.